首先壓縮機出來的空氣溫度到冷干機的時候，根據季節的不同在40—50度之間，這個時候的含水份等比較多！進入21世紀，真空凍干技術憑借其它干燥方法無法比擬的優點，越來越受到人們的青睞，除了在、生物制品、食品、血液制品、活性物質領域得到廣泛應用。壓縮空氣的溫度降至0℃-8℃，空氣中的水份在此溫度下析出，通過冷凝器將壓縮空氣中冷凝出的水分油和雜質分離，通過自動排水器將其排出機外。
冷凍干燥機使用前，先將準備干燥的物品置于低溫冰箱或液氮中，使物品完全冰凍結實，方可進行冷凍干燥。主機的右側板上設有真空泵的電源插座，將真空泵的電源線連接好。檢查真空泵，確認已加注真空泵油，不可無油運轉。油面不得低于油鏡中線。 通常情況下，為了提高超低溫真空冷凍干燥機的質量穩定性，生產工廠會結合用戶要求與相關標準和氣候等因素把超低溫真空冷凍干燥機進行標準化。
也有一部分水霧在經過過濾器時被集中和除去。冷凍干燥機過濾器的主要作用是過濾壓縮空氣中的固體顆粒。從空壓機出來的熱而潮濕并含有水份的壓縮空氣首先經過空氣對空氣熱交換器預冷卻;然后經過預冷卻的空氣，在空氣對冷媒熱交換器被冷干機的冷凍劑循環回路進一步冷卻，冷凍干燥就是將含水物質，先凍結成固態，而后使其中的水分從固態升華成氣態，以除去水分而保存物質的方法。
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